Инспекция здравоохранения учреждена 1 октября 2007 года. Постановлением Кабинета Министров от 11 июля 2007 года № 432 «О реорганизации Инспекции по контролю качества медицинской помощи, Государственной аптечной инспекции и Государственной санитарной инспекции и создании Инспекции здравоохранения».

В 2009 году к Инспекции здравоохранения была добавлена часть функций четырех реорганизованных учреждений: Государственного агентства обязательного медицинского страхования, Государственного агентства статистики здравоохранения и медицинских технологий, Государственного агентства общества и Центра профессионального медицинского образования.